媽祖有一個哥哥和五個姐姐。八歲時到一所私塾讀書，老師所教文章她能很快融會貫通。十歲余，她信佛焚香念經，早晚不懈。十三歲時，有一位老道士玄通經常往來她家，對她說：“你具仙性，應得渡入正果。”于是授以“玄微秘法”。她依法修煉，均能領悟要旨。

媽祖十六歲時，與群女閑游，照妝于井中。忽見神人捧銅符一雙，擁井而上，后有仙班簇擁著，把銅符授給她，女伴們都駭得跑開，媽祖則受之不疑，不一會便靈通變化。此后，她雖身在室中，卻能時常神游方外，談吉兇禍福，無不奇中。能駕云飛渡大海，拯救海難，還經常為人治病消災，遠近的人都很感激她，并稱她為“神姑”、“龍女”。

媽祖16歲這年秋天九月，有一天，她的父與兄駕舟渡海北上，當時媽祖正在室中精心織布，忽然伏在織布機上閉起眼睛，臉色突變。一手抓梭，一手扶抒，兩腳緊踏機軸，拼盡全力在掙扎扶持，惟恐有失。

其母發覺后，十分驚恐，急忙把她叫醒。媽祖于是失手將梭掉在地上。她睜開眼睛，頓足高聲哭說：“我父得救，哥哥墜海死了！”其母聽罷，十分驚慌，連忙差人打聽消息。不一會兒有人來報，媽祖所言果然屬實。當時其父在怒濤中，倉皇失措，幾次將翻船，若似有人穩住其舵，與她哥哥的船靠近，無奈其兄已是舵摧舟覆了。當時媽祖閉著眼時，腳踏著的是父親的船，而手抓的是兄船的舵，母親把她叫醒，梭墜地，兄船舵摧傾覆了，父親脫險返航，而其兄則被洶涌的浪濤所吞沒。兄溺水后，媽祖陪著母親、嫂嫂和幾個村民一道駕船徑往茫茫大海尋找哥哥的尸體去了。當時海水洶涌，他們突然發現一群水族聚集海面，大家不由得害怕起來。媽祖說，不要怕，并告訴水族不必迎接。突然水色變清，她哥哥的尸體已浮于海面。這時大家才知道是水神護尸來了。終于把兄尸載回，湄洲島民無不稱贊她孝順和慈善。此后凡遇媽祖誕辰，半夜即有大魚成群，環列于湄嶼之前，好像拜舞的樣子，黎明始散去。